浙江大学流体工程研究所的前身是流体力学教研室。研究所现有流体力学和流体机械及工程两个博士点和硕士点，其中流体力学是浙江省重点学科，流体机械及工程是动力工程与工程热物理国家重点学科的二级学科；同时研究所还是流体动力与机电系统国家重点实验室的组成部分。流体工程研究所现有教学科研人员24人，其中教授（研究员）16人，副教授（副研究员）7人，实验岗1人。其中国家杰青2人，浙江大学求是特聘教授2人，国家优青3人，国家级青年人才5人，浙江大学“百人计划”研究员2人。学科带头人林建忠教授为国家杰出青年基金获得者，入选“全国百千万人才工程”第一、二层次、浙江省特级专家和教育部“跨世纪优秀人才”计划。
研究所重点研究方向有多相流及湍流、水动力学、实验流体力学、微纳尺度流体力学、流体机械与工程等，具有基础性强、应用性广等特点。近年来承担包括国家杰出/优秀青年基金、国基金重点项目、国基金重大研究计划项目、国家重点研发计划课题﹑国基金面上/青年项目、浙江省杰出青年基金/重点项目等在内的纵向科研项目60余项，横向项目100余项，获国家、省部级奖励20余项。沈天耀教授团队的研究成果获国家科技进步一等奖、国家科技进步三等奖、国家发明三等奖各1项，其中作为第一完成单位获得的国家科技进步一等奖填补了我校空白。林建忠教授团队的研究成果于2006年、2009年分别两次获得浙江省科技进步一等奖。沈新荣教授团队2013年获国家科技进步一等奖1项。