浙江大学流体工程研究所的前身是流体力学教研室。研究所现有流体力学和流体机械及工程两个博士点和硕士点，其中流体力学是浙江省重点学科，流体机械及工程是动力工程与工程热物理国家重点学科的二级学科；同时研究所还是流体动力与机电系统国家重点实验室的组成部分。流体力学学科现有博士生导师10人，硕士生导师14人。学科带头人林建忠教授为国家杰出青年基金获得者，入选“全国百千万人才工程”第一、二层次、浙江省特级专家和教育部“跨世纪优秀人才”计划。
研究所主要研究方向有多相流、湍流理论及其应用、叶轮机械流体力学、计算流体力学等。近年来承担包括国家自然科学基金重点项目、国家杰出青年基金、国家自然科学基金面上项目在内的各种纵向科研项目30余项，横向合作项目100余项。获国家级奖励4项、省部级奖励近20项。沈天耀教授团队的研究成果获国家科技进步一等奖、国家科技进步三等奖、国家发明三等奖各1项，其中作为第一完成单位获得的国家科技进步一等奖填补了我校空白。林建忠教授团队的研究成果于2006年、2009年分别两次获得浙江省科技进步一等奖。沈新荣教授团队2013年获国家科技进步一等奖1项。